Yo tampoco soy partidario de subirlos, pero nada es totalmente blanco o negro y todo depende de las circunstancias.

En el trabajo usamos maven y sí subimos el fichero pom.xml. Con eso podemos construir fácilmente el proyecto para eclipse, IntelliJ, etc. y por eso no subimos .classpath ni .project.

Sin embargo, si esos ficheros no contienen path absolutos de un PC (por ejemplo, la ubicación de los jar de los que se depente) y si todo el equipo de trabajo está de acuerdo, pueden subirse como una forma sencilla de que un nuevo desarrollador pueda montar más fácilmente el proyecto en eclipse.

Se bueno.