Author Topic: make no me funciona en el directorio especificado  (Read 4085 times)

vale_N

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make no me funciona en el directorio especificado
« on: Enero 08, 2014, 12:29:08 am »
Hola buenas!!
Estoy dandole vueltas a algo que deberia ser "estupidamente" facil, vereis, estoy intentando compilar un programa (ViennaRNA).

Lo primero que hago es
Code: [Select]
./configure ..prefix=/home/user/Documentos/Bio-informatica/tools/Vienna --datadir=/home/user/Documentos/Bio-informatica/tools/Vienna --exec-prefix=/home/user/Documentos/Bio-informatica/tools/Vienna

Hasta aqui todo ok, lo hace sin problemas, me crea los make etc y no me da ningun error y me dice que:

Code: [Select]
  Executables: /home/user/Documentos/Bio-informatica/tools/Vienna/bin
  Libraries:    /home/user/Documentos/Bio-informatica/tools/Vienna/lib
  Header files: /home/user/Documentos/Bio-informatica/tools/Vienna/include
  Extra Data:  /home/user/Documentos/Bio-informatica/tools/Vienna
  Man pages:    ${prefix}/share/man

Es decir, por lo que yo entiendo me lo ha creado todo en su correspondiente sitio.

Ahora bien, cuando ejecuto make, lo primero que hace es:
/home/user/Documentos/Bio-informatica-prod/tools/Vienna

Alguien puede explicarmelo??

Tambien he probado a poner el flag -I y -C al ejecutar make pero nada de nada, sigue entrando en otro directorio no se porque...

Alguna idea de como solucionarlo?

Gracias de antemano!!

chuidiang

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #1 on: Enero 08, 2014, 12:35:35 am »
¿Qué quiere decir "hacer /home/user/Documentos/Bio-informatica-prod/tools/Vienna"?

¿No es ese el directorio que estás poniendo en las opciones del ./configure?

Se bueno.

vale_N

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #2 on: Enero 08, 2014, 05:50:28 pm »
¿Qué quiere decir "hacer /home/user/Documentos/Bio-informatica-prod/tools/Vienna"?

¿No es ese el directorio que estás poniendo en las opciones del ./configure?

Se bueno.

En las opciones de configure pongo
/home/user/Documentos/Bio-informatica/tools/Vienna

Y luego al hacer el make la primera linea que se ejecuta, es decir, la carpeta a la que accede, donde va a buscar es
/home/user/Documentos/Bio-informatica-prod/tools/Vienna

Es decir, me cambia la cuarta carpeta en vez de acceder a Bio-informatica, accede a Bio-informatica-prod, y no se porque...

Otro problema que me ha surgido ahora es,
Una vez se esta ejecutando el make llega a un punto en el que me dice que no encuentra el programa gengetopt,
El error es el siguiente:
Code: [Select]
No se ha encontrado el programa en /home/user/Documentos/Bio-informatica-prod/tools/Vienna/Kinfold
lo que yo he hecho ha sido, descargarme el programa y hacer el configure y el make dentro de la carpeta Kinfold, vuelvo a hacer el make de Vienna y me sigue diciendo que no encuentra el programa....

Que hago mal? Si necesitan alguna aclaracion mas o no me he explicado bien, por favor diganmelo.

Saludos y muchas gracias.

chuidiang

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #3 on: Enero 08, 2014, 06:47:11 pm »
Hola:

No me había fijado en el -prod

No creo que el -prod se lo invente ninguna de las herramientas de linux como configure o make. ¿Tienes ese directorio? ¿Estás ejecutando en él? ¿O quizás alguna variable de entorno que indique ese directorio?

Se bueno.

vale_N

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #4 on: Enero 08, 2014, 10:10:59 pm »
Hola:

No me había fijado en el -prod

No creo que el -prod se lo invente ninguna de las herramientas de linux como configure o make. ¿Tienes ese directorio? ¿Estás ejecutando en él? ¿O quizás alguna variable de entorno que indique ese directorio?

Se bueno.

No no, desde luego que no lo crea solo, esa carpeta con el -prod, es como un backup, y he probado muchas veces a ejecutarlo y me aseguro bien de estar en la carpeta correcta, no lo ejecuto desde la de -prod, quizá una vez pueda haberme equivocado, pero lo he ejecutado mas de 5 veces y sigue ocurriendome lo mismo.

El tema de las variables de entorno es lo que no se muy bien como funciona...deberia poner algun EXPORT o algo similar al hacer el configure?? Te refieres a eso? o con que flag puedo hacer que no se me vaya a la carpeta con -prod??

Saludos y muchas gracias!

chuidiang

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #5 on: Enero 09, 2014, 01:13:07 am »
Lo que quiero decir es que si estás en el directorio sin -prod y ejecutas ahí ... .tiene que haber algo en algún sitio que haga referencia al directorio -prod, ya que el configure y el make no se van a cambiar de directorio porque sí. Revisa si tienes variables de entorno, o links simbólicos, o el nombre del directorio en algún sitio donde aun ejecutando en el directorio sin -proc, se pueda colar.

Es decir, no tienes que hacer nada más para que lo haga bien, lo que tienes que ver es dónde está mal. Ese nombre de directorio tiene que estar colándose en algún sitio, bien en los fuentes, en algún script, en el makefile, en una variable de entorno, ...

Se bueno.
« Last Edit: Enero 09, 2014, 01:17:31 am by chuidiang »

vale_N

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #6 on: Enero 14, 2014, 03:26:23 am »
Buenas! tengo otro problema y este es algo mas gordo....el otro finalmente lo di por perdido, ya que aunque me realiza el cambio de carpeta por alguna razon que todavia no he logrado entender, lo demas me lo ejecuta bien a falta de este error

Cuando hago el make me da el siguiente error

Código:
Code: [Select]
gengetopt: No se encontró el programa
Y me sale del make porque no puede continuar, me baje el programa hice el configure y el make sin problemas, pero mi duda ahora viene cuando vuelvo a ejecutar el make de Vienna me sigue dando el mismo error, he probado a ejecutar el make de Vienna de la siguiente manera

Código:
Code: [Select]
make -I /home/user/Documents/Vienna/gengetopt-2.22.6/
Pero sigue dandome el mismo error...Mi pregunta es
¿Como puedo especificar en el make que busque ese programa en la ruta que yo quiero? O...
¿Como puedo meter el programa gengetopt dentro de la carpeta donde lo busca Vienna?

Ya que he probado a meter la carpeta gengetopt-2.22.6 dentro de Vienna y ejecutar make pero me sigue pasando lo mismo...

Alguna idea de como hacerlo?

Saludos y mil gracias!

chuidiang

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #7 on: Enero 14, 2014, 03:30:02 am »
Hola:

Habría que ver cómo busca ese programa el make, pero en principio bastaría con añadir en la variable de entorno PATH el PATH dondes está ese ejecutable.

En cualquier caso, los ./configure de las aplicaciones suelen verificar que esté todo lo necesario para compilar, es raro que no te haya fallado ahí si no tenías instalado ese programa.

Se bueno.

vale_N

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #8 on: Enero 14, 2014, 05:31:38 am »
Hola:

Habría que ver cómo busca ese programa el make, pero en principio bastaría con añadir en la variable de entorno PATH el PATH dondes está ese ejecutable.

En cualquier caso, los ./configure de las aplicaciones suelen verificar que esté todo lo necesario para compilar, es raro que no te haya fallado ahí si no tenías instalado ese programa.

Se bueno.

Pues el configure me lo hizo/hace sin problemas, pero en el make es donde me dice que no se encontró el programa gengetopt, quizá falle algo en ese configure...no lo sé la verdad...es muy raro

con poner simplemente el path te refieres a hacer el make asi:

Code: [Select]
make PATH=/home/user/Documents/Vienna/gengetopt-2.22.6/
Saludos y mil  gracias de nuevo Chuidiang

chuidiang

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #9 on: Enero 14, 2014, 04:02:47 pm »
Hola:

El path se pone así

export PATH=$PATH;/home/user/Documents/Vienna/gengetopt-2.22.6/

tienes que hacerlo en cada bash que hagas, o bien poner esta línea en el fichero .bashprofile o el equivalente que tengas en tu HOME.

Se bueno.

vale_N

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #10 on: Enero 15, 2014, 12:38:12 am »
Hecho! por fin! Despues de probar mil combinaciones y de probar y probar he conseguido hacer el make sin ningun tipo de error, pero....
¿Porque no me crea las carpetas include y bin?
No he hecho el make install y no se si se debe a eso, el problema es que no puedo hacer el make install ya que estoy ejecutando todo en un servidor del cual solo soy usuario y no tengo permisos (ni me los van a dar) de superusuario.

Yo creia que haciendo un make las carpeta include, bin, etc se copiaban, estoy equivocado?? ???

Saludos y muchisimas gracias!

chuidiang

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #11 on: Enero 15, 2014, 01:36:14 am »
Hola:

No sé a qué te refieres con que se copiaban. ¿dónde?

El make hace lo que diga el fichero Makefile del proyecto, así que puede que copie o no. Desde luego, si no tienes permisos de creación de bin o include en el sitio donde se tengan que copiar, no se hará.

Se bueno.

vale_N

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Re: make no me funciona en el directorio especificado
« Reply #12 on: Febrero 12, 2014, 03:18:47 am »
Finalmente, como me hacia el make, solo miré que librerias de Vienna necesitabas el otro programa, busqué donde estaban las linqué a esa carpeta y todo ok.

Gracias por la ayuda!

PD: se puede cerrar o dar como solucionado

 

ey